Gran parte de las civilizaciones más desarrolladas, por ejemplo la de los Chorrera, los Jama Coaque, los Bahia, los Tolita, los Machililla y los Valdivia ( que son las culturas más antigua de América del Sur) han prosperado entre los años 10 000 A. C. y 1500 D. C. en las orillas le Ecuador. Tribus con nivel muy alto de organización social y económica, como los Quitus, los Cariaris, los Puruhuaes, los Panzaleos y los Paltas han vivido desde tiempos muy lejanos por las partes más elevadas.

El Imperio Inca se extendía desde el territorio del actual Chile central hasta la Colombia actual, avanzando al norte mediante guerras contra los pueblos independientes que ocupaban aquellos territorios. En 1460 el soberano inca Tupac Yupanqui conquistó los territorios sureños donde hoy en día se encuentra Ecuador. Huayana Capac, el hijo de Tupac Yupanqui, logró llevar a cabo la conquista mediante su gobierno poderoso, la política de matrimonio entre los soberanos de dos tribus y el aumento de la población.

Los Inca popularizaron el uso del Queehua, su idioma, que hasta hoy en día es muy propio para Ecuador. Antes de morir en 1526 Huayna Capac dividió el Imperio entre sus dos hijos- Atahualpa gobernaba en la parte nórdica (Ecuador), mientras Huascar era el soberano de la parte sureña del Imperio (Perú). El reparto de la herencia era un acto impropio y muy pronto los dos hermanos iniciaron una guerra civil luchando por el poder completo, una guerra con victoria predeterminada de Atahualpa. Cuando en 1532 los conquistadores españoles llegaron a Ecuador el Imperio todavía estaba débil, flojo y desunido.

A consecuencia de la conquista española de las orillas Pacíficas de América del Sur durante los años