След падането на Империята на Инките през 1534 г.,испанските колонисти установили властта и станали новия управляващ елит. Почти три века от историята на Еквадор са свързани с колониалната ера и са белязани от продължително смесване на европейци и местните хора и тяхната култура.От това смесване на култури се е родила нова различна от аборигенската и испанската култура.

По време на колониалната ера са построени храмове и манастири и изкуството е процъфтявало чрез видни скулптурни и рисувани творби. Изтъкнати личности като Чарлз Мари де ла Кондамин(Charles Marie de la Condamine), френски географик и математик, и Александър Фон Хамболт(Alexander Von Humboldt), немски учен и историк, пътували до Еквадор за да ръководят проучванията.

По време на Колониалния период през 1563г., Еквадор става седалище на Кралската публика на Кито. Най-важната причина за началото на Южноамериканското движение за независимост била едно централно и крайно колонийско управление. Креолите били лишени от важните постове, причинявайки всеобщото недоволство, насърчавани от идеите на френските и северно-американските революции